Non, vous pouvez tout aussi bien utiliser les mises à jour d'apache et de ses compères en vous calquant sur l'existant...
C'est ainsi que je tourne actuellement avec mysql 5.0.51a, phpmyadmin 2.11.5 et j'ai même fais tourner apache 2.2.8, mais un léger soucis avec le mod ssl m'a fait revenir en arrière, bien que sur la version 2.2.6 les chemins par défaut soient quasiment tous faux.