Installer Wampserver 2.5 n'écrasera absolument pas votre version actuelle de MySQL.
En revanche, si le fichier de configuration de votre version actuelle se nomme my.ini et est situé dans le dossier Windows ou dans Windows/system32/ cela causera une incompatibilité avec MySQL de Wampserver. De plus, vous ne pourrez par faire tourner les deux versions de MySQL en même temps.
Si j'ai bien compris ton problème, tu as déjà un serveur d'installer, autre que WampServer. Est-ce IIS ? Nul besoin d'installer WampServer uniquement si tu as besoin de PhpMyAdmin. Il faut voir avec ton serveur.