L'interface d'installation ne précise pas explicitement que l'installateur ne va pas supprimer les dossiers contenus dans le répertoire C:\wamp\www (il n'y a de message d'interrogation que pour le fichier .\index.php ).
En installation « par dessus », il n'y a pas de suppression du contenu de wamp/www (Sauf si explicitement autorisé, pour le fichier index.php) ni du contenu de wamp/bin/mysql/mysql5.1.x/data/.
Néanmoins, il est fortement recommandé d'effectuer une sauvegarde desdites données avant l'installation.