Non, j'ai creusé un peu et absolument TOUS LES REPERTOIRES ET FICHIERS JS ONT ETE SUPPRIMES. Et ça sur TOUS MES PROJETS !! Wordpress ou pas. Les autres fichiers (php, etc) semblent être là . Et il n'y a aucune règle htaccess particulière que j'aurais précisé qui expliquerait cela.
Bilan: misère totale. Va falloir que je remonte des sauvegardes (pc fixe --> pc portable) ....pfffff.